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21世纪末期地球人口过多陷入战乱和资源稀少，但月球开发计划带来的大量矿物缓解问题让地球生活重新稳定，60年后月球背面的矿物富集区成为大型矿业基地和殖民地，然而太空工作高度危险性使整个矿区维持军事化管制传统，对于军管不满的新一代土生土长月球青年组成了恐怖组织四处破坏诉求于月球独立，因为月背永远见不到地球所以月球新生代对地球情感淡漠一时之间恐怖组织逐渐坐大人数增多。
在月球上还存在着巨大的迷之机械建筑DALLOS，从上方看着像一张巨大的人脸拥有神秘的科技，神秘建筑从被开挖出来后就是老一辈月球移民心中的信仰认为其有某种神性和谕示著一种命运。其来源众说纷纭，较为不信者认为是比矿工更早来的科学家集团为了某种实验建造而将神秘说法斥为无稽之谈，信仰者则认为是外星人或神的造物。
17岁的主角瞬是低阶机械工，无意间遇到了独立游击队领袖而卷入事件但内心抱持犹豫，同时新任警察司令阿雷克斯上任后展现了铁腕做法，认为将叛乱者全部斩尽才是解决方案，其早年在地球军校时见证过前往地球制造火车恐攻造成大量死伤的月球游击队来袭事件，从此抱持血战到底观点，但其女友在月球期间被游击队掳走，月球战争的摊牌时刻即将来临……
战争之后，日本被分为南北两个部分。美军统治下的青森县，少年藤泽浩纪和白川拓也都喜欢同年级的同学泽度佐由理。他们的心中都有佐由理，还有那个东西——边境以北的津轻海峡，日本北海道联盟建立的高耸云端的“塔”。巨大而神秘的的塔，是三位少年少女的向往，他们约定，建造小型飞机，飞向 塔去一探究竟。
中学三年级佐由理转学到东京。两位少年放弃了制造飞机的打算。浩纪考进东京的高中，拓也继续留在青森的高中就学，彼此在各自的道路上越走越远。
但是，多年后，佐由理在医院中陷入沉睡！这突如其来的病症让三人再次聚在一起。沉睡的病症，与塔的力量有神秘的联系，而塔本身，似乎也成了日本南北开战的据点。
卷入战争与爱情的三人，到底是救佐由理，还是救世界！命运的解答，似乎就在云的那一端，他们曾经约定的地方。
遥远的未来，人类散布到宇宙各处，建立了繁荣的文明，名为「EDEN」。但是在600年前突然发生的不明灾害时空震毁掉了这一切，失去了超光速航行、超光速通信等高科技的宇宙进入了人类文明的「黑暗时代」。
而后到了400年前，「白月」出现在行星「特兰斯巴尔」上空，住在白之月的「月之圣母」将 「遗失文明」中对人类有益的技术称为「天惠」教导给人们，也因此建立了特兰斯巴尔皇国。特兰斯巴尔历100年左右，人类得到了制造宇宙船的能力，此后开拓宇宙的一百年间，支配了128个星系，确立了不败王朝的地位。
在某个看来很普通的边境警备舰队下，有一支直属于月之圣母的特殊部队「天使队」。这支由女性组成的特殊部队，驾驶着遗失文明的结晶「纹章机」，专门负责在银河各地搜寻远古的科技遗迹，加以回收管理。
