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侵略者ムゲ・ゾルバドス軍の攻撃により、地球は壊滅的な打撃を受けた。だが、ロス・イゴール長官と葉月博士が密かにイーグルファイターら4体の「獣戦機」を完成、藤原忍ら4人を召集し「獣戦機隊」を編成。これに対抗する。
故事的主人公巴辛是一个非常爱好“交换卡片游戏”的小学六年级生。现在上学的小学校园里，正流行着一个在全世界都受到欢迎的卡片游戏“battle spirits”（战斗精神）。有一天，巴辛意外地得到了一张“辉石”……用辉石的力量，可以将“战斗精神”卡片中的怪物“spirit”们召唤到现实生活中来互相战斗。从此巴辛有了召唤卡片的能力。知道在学校传言中所说的传说的X珍稀卡片是实际存在的巴辛，与同样拥有辉石的竞争者们一起，为了能够得到这张X卡，而展开了激烈的卡片战斗。
当集齐了所有的X卡片时，就能实现与传说中最强的王者战斗的愿望。究竟能够称雄全世界的最强王者、以及能够赢得究极的卡片战斗的人究竟会是谁呢？！
遥远的未来，人类散布到宇宙各处，建立了繁荣的文明，名为「EDEN」。但是在600年前突然发生的不明灾害时空震毁掉了这一切，失去了超光速航行、超光速通信等高科技的宇宙进入了人类文明的「黑暗时代」。
而后到了400年前，「白月」出现在行星「特兰斯巴尔」上空，住在白之月的「月之圣母」将 「遗失文明」中对人类有益的技术称为「天惠」教导给人们，也因此建立了特兰斯巴尔皇国。特兰斯巴尔历100年左右，人类得到了制造宇宙船的能力，此后开拓宇宙的一百年间，支配了128个星系，确立了不败王朝的地位。
在某个看来很普通的边境警备舰队下，有一支直属于月之圣母的特殊部队「天使队」。这支由女性组成的特殊部队，驾驶着遗失文明的结晶「纹章机」，专门负责在银河各地搜寻远古的科技遗迹，加以回收管理。
●剧情简介
科学怪人约翰·达古一心要毁灭人类，他造成了冰川融化、海水淹没大地、10亿人丧生的惨剧还不罢休，还试图引发两极置换、破坏地球电磁场、以致彻底毁灭人类的所谓P OLE SHIFT 。各国联合舰队为了夺回赖以生存的土地，决定深入海洋，向约翰·达古的南极基地发起核攻势。而青之六号就是联合舰队中人类寄予最后希望的一艘威力强大的潜水艇，在这场大战中发挥了举足轻重的作用。
光看剧情就知道，这部动画片里有着众多的科幻机械设定和动感强烈的战斗场景。在1998 年之前，虽然已经有了诸如《超时空要塞》也就是《太空堡垒》里面那华丽的宇宙空战场面，也有了《机动战士高达》、《变形金刚》、《新世纪福音战士》等一系列以未来的机器人战争为主题的动画名作，但是对于水的各种光影效果以及在水中高速行驶的超快速度感无法得到充分的展现。这个技术层面的强大制约力，导致对海洋的表现一直是SF(科幻动画)的一个致命伤。因此过去的作品大都是一笔带过。
但是，作为前田真宏的第一部监督力作(他曾经担任过宫崎骏名著《天空之城》、《红猪》等的原画，并曾参与《EVA》的主创)，同时也是G ONZO 工作室第一部完全独立制作的动画片，《青6》第1集一经推出就好评如潮。而业界和观众欣赏的焦点也就是那赏心悦目的海战场景所表现的速度感。
商业动画片的里程碑
繁复而精致的机械设定一直是日本科幻动漫作品里面最突出的亮点了，前面也曾经提到，在SF题材动画的历史上有过太多优秀的设定，想要在这样精彩的领域再次翻出新的花样绝非易事，不过，据监督前田真宏自己讲，由于他在上世纪80年代初就已经开始充分留意电脑动画的发展进程，所以，凭着多年制作传统动画的经验和对电脑CG理念的深入了解，在1998 年这部低成本的OVA制作里面， GONZO 工作室的这个主创团队实现了2D角色造型和3D场景几乎完美的融合，并且更加突出的是，整部作品对于海洋战斗场面那种独特的超高速动感的展现有一种非凡的表现力，这正是1998 年同时代的众多动画所不具备的全新手法。有人会说，美国动画已经在用这些技术了，可是别忘了，相对于好莱坞大制作的成本，《青之六号》使用的拍摄成本几乎只是一个零头而已，而片长几乎是相等的。后来很多日本商业动画作品都开始模仿这种手法，这进一步说明了《青之六号》的里程碑地位。
神崎瞳（坂本真绫 配音）出生在难能可贵的和平年代，然而，日复一日波澜不惊的生活却让她感到厌倦至极，甚至失去了生活下去的希望。在一场意外中，瞳被传送到了名为盖亚的异世界中，在这里，人们要抵抗的是来自强大黑龙族的破坏和攻击。而唯一能够拯救这个世界的，是名为梵（关智一 配音）的龙族后裔。
被传送到这个世界的瞳，见到了曾经在幻觉中出现过的龙之铠甲艾斯嘉科尼中，成为了人们眼中的救世主，背负上了拯救苍生的重任，而她和梵共同对抗的，竟然就是梵的哥哥。在激烈的交战中，瞳渐渐找回了活着的意义，而瞳的出现亦让一心求死的梵产生了活下去的勇气。
空中响起奇怪的声音，人们一个接一个地倒下，并最终消失。出现在前往调查的精英部队GUTS-SELECT队员们面前的是，一波波来袭的外星人军团，以及驾驶着漆黑要赛艇“佐尔加乌斯”的支配者基贝尔斯教授，它妄图扭曲地球的天空。
奏大等人陷入苦战，这时，一个神秘的女性从天而降，她似乎知道基贝尔斯的事情。拥有着不可思议力量的女人名叫蒂娜丝。她与GUTS-SELECT队员们合作，以守护的使命迎战邪恶的阴谋。
然而，天上的银河终究还是扭曲，“皇兽”的凶暴身姿降临了。赌上地球和宇宙的生死存亡，奏大、蒂娜丝、GUTS-SELECT展开了总决战！
